Nella Scuola Politecnica e delle Scienze di Base sono attivi 14 Programmi di Dottorato di Ricerca.
| Programma di Dottorato | Acronimo | Dipartimento | Collegio | Coordinatore |
| Architettura | D-ARC | DIARC | ARC | Fabio Mangone |
| Biologia | D-BIO | DIB | SCI | Salvatore Cozzolino |
| Biotecnologie | D-BIOTEC | DISC | SCI | Marco Moracci |
| Fisica | D-FIS | DIF | SCI | Vincenzo Canale |
| Information technology and electrical engineering | D-ITEE | DIETI | ING | Stefano Russo |
| Ingegneria dei prodotti e dei processi industriali | D-IPPI | DICMAPI | ING | Andrea D’Anna |
| Ingegneria dei sistemi civili | D-ISC | DICEA | ING | Andrea Papola |
| Ingegneria industriale | D-II | DII | ING | Michele Grassi |
| Ingegneria strutturale, geotecnica e sismica | D-ISGS | DIST | ING | Iunio Iervolino |
| Scienze chimiche | D-SCH | DISC | SCI | Angelina Lombardi |
| Scienze della terra, dell’ambiente e delle risorse | D-STAR | DISTAR | SCI | Vincenzo Morra |
| Scienze matematiche e informatiche | D-SMI | DMA | SCI | Gioconda Moscariello |
| Information and Communication Technology for Health | D-ICT4H | DIETI | ING | Daniele Riccio |
| Tecnologie quantistiche | D-TQU | DIF | SCI | Francesco Tafuri |